ダウンロードして、解凍するだけで OK。PhpDocumentor ディレクトリ内にある、phpdoc というシェルを実行すればよい。
PEAR 利用の場合は PEAR パッケージのほうが良いかもしれない。
ディストリビューションによっては、apt パッケージ等からインストールすることができる。この場合は /usr/share/php 等、php のあるディレクトリにインストールされるらしい。