ダウンロードして、解凍するだけで OK。PhpDocumentor ディレクトリ内にある、phpdoc というシェルを実行すればよい。

PEAR 利用の場合は PEAR パッケージのほうが良いかもしれない。

ディストリビューションによっては、apt パッケージ等からインストールすることができる。この場合は /usr/share/php 等、php のあるディレクトリにインストールされるらしい。

プログラムソースに、一定の形式に従ってコメントを記入しておく。ソースをまるごとパースすると、ドキュメントが自動生成される。
HTML, CHM, PDF, XML 形式で出力することも可能。
vim で phpdocumentor 用のコメントを書くプラグインがある。